微生物是导致加工食品二次污染的主要原因之一。食品加工厂生产车间由于卫生的要求，需进行消毒处理。多数食品加工封闭车间内普遍采用紫外线灭菌方式，但因车间内空气相对湿度大，故紫外线杀菌效果并不理想。二氧化氯制剂灭菌能力强，分解迅速无残留，适于食品加工厂应用。

ClO2是一种广谱型消毒剂，对一切经水体传播的病原微生物均有很好的杀灭效果。二氧化氯除对一般细菌有杀死作用外，对芽孢、病毒、异养菌、铁细菌、硫酸盐还原和真菌等均有很好的杀灭作用，且不易产生抗药性，尤其是对伤寒，甲肝、乙肝、脊髓灰质炎及艾滋病毒等也有良好的杀灭和抑制效果。ClO2对病毒的灭活比O3和Cl2更有效。低剂量的二氧化氯还具有很强的杀蠕虫效果。